Chez AWS, nous sommes convaincus que la technologie a un rôle important à jouer dans le domaine de la recherche médicale. Pourquoi ? Car la quantité de données à traiter est telle qu’il faut des ressources informatiques conséquentes pour trouver les réponses aux questions posées.
Imaginez qu’une clé est le traitement et que la serrure correspond à un type de maladie. Les chercheurs essaient de trouver la bonne clé pour s’adapter à une serrure particulière – une molécule qui interagit avec un récepteur de la maladie. Maintenant, imaginez que vous avez des milliards de clés et des milliards de serrures. Si nous essayons de faire correspondre manuellement une clé à une serrure dans l’espoir de déverrouiller la serrure, vous pouvez rapidement comprendre que cela peut prendre des années. Aujourd’hui, il est possible d’accélérer ces recherches à l’aide du cloud puisqu’il permet de stocker, structurer et analyser des données à l’échelle du pétaoctet en quelques minutes, ce qui était impossible auparavant.
Mais la capacité n’est pas tout. Les enjeux de sécurité lorsque l’on traite de données de santé sont essentiels. C’est pour cela qu’AWS permet de concevoir des applications en conformité avec le cadre réglementaire relatif à la sécurité et la confidentialité des données de santé, au titre de la certification française HDS ainsi que du Règlement européen général sur la protection des données (RGPD). Pour nous, il est essentiel d’outiller les chercheurs avec des technologies qui leur permettront de faire avancer leurs travaux en toute sécurité et en garantissant la confidentialité des données analysées.
Pour accompagner l’élite de la recherche en France, nous avons ainsi décidé de devenir mécène de deux organisations françaises, Gustave Roussy et Sorbonne Université, mettant notamment à leur disposition la puissance de calcul et les technologies de machine learning dont ils ont respectivement besoin pour accélérer la recherche contre le cancer et développer un traitement pour la Covid-19.
Faire avancer la recherche contre le cancer avec Gustave Roussy
Gustave Roussy est le premier centre de lutte contre le cancer en Europe. Il est également classé par le magazine Newsweek cinquième au monde. Deux équipes de recherche de Gustave Roussy utiliseront AWS pour créer, former et déployer des modèles d’apprentissage automatique. Les chercheurs utiliseront ces modèles pour permettre l’analyse des images médicales, dont la détection des lésions à des fins de contourage automatique, l’exploitation de jeux de données hétérogènes et volumineux (compte-rendus, images, prélèvements, etc.) afin d’améliorer les réponses du système immunitaire de chaque patient aux traitements en radiothérapie. Gustave Roussy utilisera AWS en sus du cluster HPC déjà déployé sur site et des processeurs graphiques déjà disponibles pour les chercheurs.
AWS constituera également le socle d’une base de données commune aux chercheurs sur l’ostéosarcome, un cancer rare qui concerne de jeunes patients, âgés de 10 à 25 ans. Ce cancer, qui touche environ 100 à 150 nouveaux patients par an en France, est le cancer osseux le plus répandu chez les adolescents. Malheureusement, aucun traitement à ce jour n’a permis d’augmenter l’espérance de vie des patients qui en sont atteints. En s’appuyant sur les solutions d’AWS, Gustave Roussy pilotera la plateforme BOOST-dataS, dont l’utilisation sera partagée avec huit équipes de recherche françaises. Cette base unique rassemblera des données cliniques, biologiques, génomiques et radiomiques issues de patients atteints d’ostéosarcome, dans le but de faciliter leur exploitation à des fins de recherche, en améliorant les connaissances et les traitements contre cette maladie rare.
Trouver un remède à la Covid-19 avec le laboratoire de chimie théorique (Sorbonne Université/CNRS) et la Fondation Sorbonne Université
Le laboratoire de chimie théorique (Sorbonne Université/CNRS) a lancé, en mai 2020, des travaux de recherche pour mieux comprendre le fonctionnement moléculaire du virus COVID. Pour son projet, il s’appuie sur la puissance du cloud pour réaliser des calculs haute performance (HPC) sur AWS afin de modéliser différentes protéines impliquées dans les virus SARS-Cov-2 et Cov-1. Ainsi, les chercheurs du laboratoire souhaitent mieux comprendre le virus et contribuer au développement d’un médicament et d’un traitement. En utilisant AWS, il est estimé que le laboratoire pourra réaliser les calculs nécessaires en moins de 6 mois au lieu de plusieurs années sans les ressources du Cloud AWS. Sur la base de ces modélisations dynamiques des protéines constituant les virus, les chercheurs pourront affiner leurs collaborations avec les équipes expérimentales qui cherchent à synthétiser de nouveaux principes actifs. Le programme, dit de ‘sciences ouvertes’, donnera accès aux données et aux résultats de manière libre pour l’utilisation d’autres parties pour le bien commun.
Au-delà de la technologie : le bien commun
En France, avec la force des chercheurs, des médecins et la technologie disponible, nous pensons pouvoir faire progresser les soins et les traitements des patients. Le cloud est une opportunité pour soutenir la recherche à grande échelle grâce à sa puissance de calcul fiable et évolutive et nous sommes heureux de pouvoir mettre à disposition nos technologies pour le bien commun.
Par Erick Jan-Vareschard, Head of Public Sector, AWS France.
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