L'IAP est dirigé par un Comité de direction (codir) complété par un Conseil d'orientation scientifique (COS). 

Les membres du COS sont des personnalités représentatives du monde du service public en France et à l'étranger, ainsi que des représentants des parties prenantes publiques et privées de l'Institut.

Le COS est composé d'un Comité permanent qui a pour mission de définir les orientations scientifiques de l’IAP et de 2 collèges : 

• • Le collège de recherche appliquée a pour responsabilité de valider les sujets de recherche et d'études proposés par les partenaires publics ou privés de l'Institut. 
• • Le collège de formation-recherche a pour responsabilité de définir la méthodologie, les objectifs pédagogiques, les modalités et le contenu des programmes de formation-recherche de l'Institut.